Україна через «перебудову» рухалась до своєї незалежності. Працівники школи, як і всі громадяни країни, відчували ці зміни. На одній із педрад завуч школи Заяц Л.О. сказала: «Час, у який ми живемо і працюємо, дуже бурхливий…Але показники роботи вчителя – це життєві досягнення учнів».
У цей же час набуває актуальності проблема української мови. Директор школи Юрченко О.В. наголошує про загальнодержавне значення української мови, її вивчення у зв’язку з переходом шкіл на українську мову навчання.
Педагогічний колектив знаходився у пошуках нових методів навчально-виховної роботи. Одним з цікавих рішень був фестиваль нестандартних уроків, проведений за ініціативою Деміхової Н.І. та Заяц Л.О.
Учні здобувають знання державною мовою. Учителі навчають за програмами загальноосвітніх шкіл. За часи незалежності України школа №5 працювала над різними освітніми проблемами, серед них: «Виховання громадянина України як всебічно розвиненої особистості», «Моральний та художньо-естетичний напрям виховання учнів», «Інноваційна освітня модель еколого – природничо – математичного спрямування «Екологія та розвиток».
Учні школи беруть активну участь у змаганнях, конкурсах, проектній діяльності.
Конотопська загальноосвітня школа І-ІІІ ступенів №5 початку XXI століття – це затишний дім, у якому створені всі необхідні умови для навчання та змістовного дозвілля. Початкові класи з 1995 року знаходяться у будівлі колишнього дитячого комбінату №4 «Чайка», що розташований по вулиці Жарікова. Заняття в 1-11 класах проводяться в обладнаних наочними матеріалами та приладами кабінетах та класних кімнатах, комп’ютерному класі, спортивній залі та на спортивних майданчиках, у слюсарній і токарній майстерні, кабінеті обслуговуючої праці. Шкільна бібліотека має фонд літератури більше 8000 примірників і понад 30 тис. підручників.
«Успіх не шукатиме тебе, ти сам мусиш його створити» – це той орієнтир, на реалізацію якого спрямовує свою діяльність кожен учитель школи. Двері навчального закладу, педагогічним кредо якого є вимогливість до учнів у поєднанні з повагою до їхньої особистості, завжди відкриті для кожної дитини, яка бажає вчитися в умовах свободи і поваги, розвитку та любові.